En el año 2004 se realizó en el Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY), a iniciativa del Dr. Luis M. Peña Rodríguez, una Primera Reunión de Química de Productos Naturales, con la idea de revivir los Congresos de Química de Productos Naturales que durante muchos años organizara el Dr. Xorge A. Domínguez en el ITESM de Monterrey, y que tenían como finalidad la promoción y difusión de los resultados de investigación en productos naturales de nuestro país, compartiendo experiencias con investigadores del extranjero. Esta reunión se repitió año con año en diferentes ciudades del país y en cada una se realizaba una asamblea entre los asistentes, emergiendo eventualmente la propuesta de contar con una asociación. Durante la octava reunión efectuada en Huatulco, Oaxaca en 2012 se nombró una comisión integrada por la Dra. María Luisa Garduño Ramírez (UAEM), Dra. María de la Luz Miranda Beltrán (UAG), Dr. Sergio R. Peraza Sánchez (CICY), Dra. Ana María Puebla Pérez (UAG), Dra. Verónica Rivas Galindo (UANL), Dr. Ramón Enrique Robles Zepeda (USON), Dr. Jesús Martín Torres Valencia (UAEH) y Dra. Noemí Waksman Minsky (UANL) para realizar los trámites legales necesarios para constituir la asociación.

Por otro lado, cada año, la Revista Latinoamericana de Química, editada por los Laboratorios Mixim, S.A., ha venido publicando en un suplemento especial las actividades y resúmenes de las reuniones, por lo cual, con la anuencia de su actual Editor en Jefe, el Dr. Andrés Navarrete, quedó como la revista oficial de la Asociación, y con el apoyo del Ing. Jorge Ebrard, se estableció como domicilio fiscal el mismo de la revista. Finalmente, con la firma del acta constitutiva por parte de los miembros de la comisión y con el nombramiento de un Consejo Directivo constituido por la Dra. Noemí Waksman Minsky (Presidenta), Dr. Ramón Robles Zepeda (Tesorero) y Dra. Verónica Rivas Galindo (Secretaria) quedó formalmente constituida la Asociación Mexicana de Investigación en Productos Naturales, A.C. (AMIPRONAT) el 12 de febrero de 2013.